A Universidade Pedagógica de Maputo (UP-Maputo) foi fundada em 1985 como Instituto Superior Pedagógico (ISP), uma instituição vocacionada para a formação de professores, para todos os níveis do Sistema Nacional de Educação (SNE), e de profissionais para diversas vertentes do sector de educação.

O ISP iniciou as suas actividades com, apenas, três Faculdades, a saber: a Faculdade de Matemática e Física, que oferecia o curso de Licenciatura em Ensino de Matemática e Física; a Faculdade de História e Geografia, com o curso de Licenciatura em Ensino de História e Geografia, e a Faculdade de Pedagogia e Psicologia, que oferecia o curso de Licenciatura em Psicologia e Ciências da Educação.

Seguiu-se, gradualmente, a criação de outras Faculdades, designadamente, a Faculdade de Línguas, com os cursos de Licenciatura em Ensino de Português, Ensino de Inglês e Ensino de Francês, e, em 1988, foi criada a Faculdade de Química e Biologia, oferecendo cursos de Licenciatura em Ensino de Química e Biologia. Ainda como ISP, foi iniciado um processo de expansão, com criação de Delegações na Beira e em Nampula, primeiras unidades de Ensino Superior fora da capital do país, desde a proclamação da Independência Nacional.

Em 1995, o ISP transforma-se em Universidade Pedagógica (UP), com a aprovação de novos Estatutos, correspondendo a uma segunda fase de redefinição de estratégias para cumprir com a sua missão de formação de técnicos para a educação e áreas afins, incluindo a pós-graduação.

Nesta segunda fase, a UP alargou o seu processo de expansão nacional, com a criação de delegações em outras províncias, à excepção da Província de Maputo. Dos 180 estudantes no início do seu funcionamento como ISP, a UP foi crescendo a nível de efectivos estudantis, tendo atingido, em 2018, 61.784 estudantes.

Ainda no campo de expansão, a UP introduziu cursos na modalidade à distância, e os cursos presenciais passaram a ser igualmente oferecidos em regime pós-laboral.

Em 2019, por decisão do Governo, a UP é reestruturada, dando origem a cinco novas Universidades, nomeadamente a Universidade Pedagógica de Maputo (UP-Maputo), a Universidade Save (Uni-Save), a Universidade Púnguè (Uni-Púnguè), a Universidade Licungo (UniLicungo) e a Universidade Rovuma (Uni-Rovuma), como instituições de Ensino Superior independentes, iniciando-se, assim, uma terceira fase de evolução da Universidade Pedagógica, então Instituto Superior Pedagógico.

Na sequência, a UP-Maputo foi criada em 04 de Março de 2019, pelo Decreto nº 05/2019, visando projectar as bases do futuro desenvolvimento da instituição, assente em novos paradigmas da ciência e do papel das Universidades na sociedade, tendo em conta as actuais contingências macroeconómicas do país.

A esta abordagem cronológica da evolução da UP-Maputo podem ser agregadas perspectivas mais específicas de mudança e crescimento da instituição como, por exemplo, a evolução dos modelos curriculares ao longo do tempo, através de processos de reformas e revisões curriculares que foram sendo realizadas, o último dos quais teve lugar no período de 2022 a 2023; a regulamentação interna dos processos tanto académicos como administrativos, entre outros aspectos qualitativos conduzidos com o intuito de transformar a actual UP-Maputo, criada em 04 de Março de 2019 pelo Decreto nº 05/2019, numa universidade do século XXI.